碩士班設有以下五組：
甲組：結構工程組
乙組：大地工程組
丙組：交通工程組
丁組：結構材料組
戊組：工程資訊與管理組
入學管道：
(1) 招考入學(筆試或審查+面試)
(2) 甄試入學(審查、面試)
(3) 外國學生申請入學(審查)
